В работе рассмотрены особенности генерации неоднородностей с поперечными по отношению к геомагнитному полю масштабами $l_\perp\approx 50{\div}200$ м при модификации ионосферы мощными короткими радиоволнами. Установлено, что в $F$-области ионосферы существуют, по крайней мере, два механизма, ответственных за генерацию таких неоднородностей. Первый механизм связан с резонансным взаимодействием радиоволн с ионосферной плазмой, второй имеет место даже в отсутствие резонансного взаимодействия. Для разделения механизмов в измерениях использовалась различная поляризация мощного излучения.