Исследованы причины спорадических и долговременных вариаций поляризационного спектра ультранизкочастотного (УНЧ) магнитного фонового шума на средних широтах. Использовались результаты регистрации низкочастотных горизонтальных магнитных компонент на среднеширотной обсерватории НИРФИ "Новая жизнь" ($56{,}00^\circ$ с. ш., $45{,}74^\circ$ в. д.) и японской станции "Мошири" ($44{,}37^\circ$ с. ш., $142{,}27^\circ$ в. д.). Также анализировались данные ионозондов, расположенных в России (станция "Васильсурск") и в Японии (станция "Вакканай"). Обнаружено влияние спорадических слоёв $E_{\rm s}$ на частотный спектр поляризации шума. Показано, что появление достаточно интенсивных спорадических слоёв $E_{\rm s}$ с критическими частотами $f_{0E_{\rm s}}>3{\div}5$ МГц может существенно изменять параметры спектра поляризации, что связано с изменением оптической толщины и добротности ионосферного альфвеновского суб-резонатора, формируемого долиной между областями $E$ и $F$. Численное моделирование поляризационного параметра фонового шума, выполненное с использованием cкорректированной по данным ионозондов модели IRI-2012, подтвердило, что слой $E_{\rm s}$ с толщиной порядка $2{\div}5$ км и критическими частотами $f_{0E_{\rm s}}>3{\div}5$ МГц может приводить к резкому уменьшению граничной частоты $f_{гр}$, разделяющей области частот с левой и правой поляризацией шума, и даже к полному исчезновению проявления суб-ионосферного альфвеновского резонатора в спектре поляризационного параметра. Численные расчёты выявили также влияние высотного положения слоя $E_{\rm s}$ на добротность данного резонатора. Обсуждается влияние вариаций высоты и критической частоты максимума слоя $F$, а также электронной концентрации на высотах слоя $E$ и долины на особенности суточной динамики частотных спектров поляризации УНЧ шума.