В работе предложен метод ближнепольной многочастотной когерентной акустической томографии пространственно локализованных неоднородностей дна мелкого моря. В рамках развиваемого метода наблюдения осуществляется двумерное пространственное сканирование приёмно-излучающей системы вдоль дна над областью расположения неоднородностей на различных частотах. В борновском приближении исходное трёхмерное интегральное уравнение для рассеянного поля сводится к одномерному уравнению типа Фредгольма 1-го рода относительно глубинного профиля поперечного спектра неоднородностей. При решении этого интегрального уравнения для каждой пары спектральных компонент используется метод обобщённой невязки, а искомое трёхмерное распределение получается путём обратного фурье-преобразования восстановленного спектра. Представлены результаты численного моделирования томографии и визуализации неоднородностей дна мелкого моря.