Ионосферные и аппаратные флуктуации оптических путей являются наиболее существенными источниками ошибок определения параметров нейтральной атмосферы радиозатменным методом на высотах более 8 км. В работе выполнен спектральный анализ флуктуаций оптического пути в радиозатменных измерениях в двух каналах системы GPS для высот перигеев зондирующих лучей в диапазоне 80\(\div\)100 км, где вклад нейтральной атмосферы пренебрежимо мал. Для анализа был выбран массив из 300 сеансов измерений, выполненных в эксперименте COSMIC. Спектральный анализ выявил максимальную кросскорреляцию флуктуаций в двух каналах на пространственной частоте 2,5 рад/км. Убывание корреляции для более низких пространственных частот объясняется аппаратными шумами. Убывание корреляции для более высоких пространственных частот объясняется эффектами дифракции на мелкомасштабных ионосферных неоднородностях.