В работе приведены результаты измерения характеристик ионосферы и нейтральной атмосферы методом резонансного рассеяния радиоволн на искусственных периодических неоднородностях ионосферной плазмы в области высот $90{\div}120$ км. Показано, что высотно-временные вариации измеряемых характеристик во многом обусловлены распространением атмосферных волн. Выполнен анализ гидродинамических неустойчивостей в мезосфере—нижней термосфере. Приведены критерии развития неустойчивостей различного типа. На основе результатов измерений сделаны оценки вклада различных процессов в динамику среды.